L'église romane, datée du XIIe siècle, est de plan en croix, constituée d'une nef à trois travées voûtées en berceau brisé, d'un transept flanqué d'une absidiole au nord et d'une tour édifiée au XIIIe siècle au dessus du bras de transept sud.

L'abside centrale semi-circulaire ornée d'arcatures est voûtée d'un cul-de-four nervuré.
Cet édifice s'insère dans un ensemble fortifié d'époque médiévale, une des résidences de l'évêque de Fréjus. Les remparts, les meurtrières, les vestiges des tours sont encore visibles dans le jardin du musée.

La crypte appartient à une construction du XIe siècle chantier qui resta inachevé. A partir de ces volumes inférieurs, on peut observer les constructions antérieures qui illustrent les origines de la christianisation des campagnes.

La première construction d'époque antiquité, est composée de deux bâtiments accolés, qui pourraient correspondre à un monument funéraire.

Durant l'Antiquité tardive se greffe une abside de plan quadrangulaire qui transforme l'espace en lieu de culte. Aux siècles suivants, cette abside est remplacée par une abside en fer à cheval, sans doute à l'époque carolingienne. En son centre est conservé un support d'autel maçonné comportant une croix latine formée par l'incrustation de tuiles.

La période moderne n'entraînera pas de transformation importante. Seules des extensions du XVIIIe siècle affectent la travée occidentale, où une tribune est élevée. Trois caveaux sont installés au centre de l'église, ils fonctionneront jusqu'au début du XXe siècle, dâte à laquelle les inhumations seront pratiquées exclusivement hors du bâtiment.

L'église est classée Monument Historique en 1907. Les cryptes sont accessibles au public toute l'année.

Entrée gratuite.

Vue panoramique de la ville de Saint-Raphaël, du haut de la tour